O Fundo de Coesão cofinancia ações no âmbito do objetivo «Convergência» e, no atual período de programação (2001-2013) passou a estar sujeito às mesmas regras de programação, de gestão e de controlo que o FSE e o FEDER, sendo integrado nos Programas Operacionais apoiados pelo FEDER, para maior articulação das intervenções destes dois Fundos.

A gestão passou a ser feita a nível dos Programas Operacionais, ao invés de ser feita, como no passado (Fundo de Coesão I (1993-1999) e Fundo de Coesão II (2000-2006)), ao nível dos projetos.

A aprovação da Comissão só será exigida em caso de Grandes Projetos (25 milhões de euros para projectos ambientais e 50 milhões de euros para projectos de infraestruturas de transportes). Para isso, as Autoridades de Gestão do Fundo de Coesão terão mais responsabilidades em termos de seleção, avaliação, concessão da contribuição, controlo e gestão, e assegurarão a execução rápida para evitar a perda do apoio em caso de aplicação da disciplina de execução orçamental da programação das despesas, ou seja, a regra “n+2” (regra de anulação automática).

Portugal, junto com a Bulgária, Chipre, Eslováquia, Eslovénia, Estónia, Grécia, Hungria, Letónia, Lituânia, Malta, Polónia, República Checa e Roménia integra o grupo de países elegíveis para o Fundo de Coesão, no período 2007-2013. A Espanha é elegível a título transitório dado que o seu RNB por habitante é inferior à média da Europa dos Quinze.

O Fundo de Coesão financia ações nos seguintes domínios:

• Redes transeuropeias de transportes, nomeadamente os projetos prioritários de interesse europeu definidos pela União Europeia;
• Ambiente, podendo também intervir em projetos ligados à energia ou aos transportes, desde que apresentem vantagens manifestas para o ambiente: eficiência energética, recurso às energias renováveis, desenvolvimento dos transportes ferroviários, apoio à intermodalidade, reforço dos transportes públicos, etc.