Abrange o conjunto de atuações que visam promover e favorecer a integração harmoniosa e equilibrada do território da União Europeia. O Apoio à cooperação integra 3 níveis:

• Cooperação transfronteiriça (“apagando” fronteiras”);
• Cooperação transnacional (partilhando experiências);
• Cooperação Inter-regional (apoio ao trabalho em rede).

Os vários territórios, considerados para as vertentes de Cooperação Transfronteiriça e Transnacional são constituídos, respetivamente, por subespaços transfronteiriços e macro regiões. Estes beneficiarão, através da cooperação de caráter material ou imaterial, de um aumento da integração e a coesão económica e social em domínios de importância estratégica.

A Cooperação na vertente Inter-regional destina-se a promover sinergias entre os principais atores regionais, nacionais e comunitários da Política de Coesão. O objetivo é capitalizar as boas práticas na gestão das intervenções estruturais na Europa e, assim, incrementar a sua eficácia para a concretização das Agendas de Lisboa e Gotemburgo.

Neste contexto, as orientações estabelecidas em Portugal promovem, por um lado, uma coerência da cooperação com os princípios orientadores e prioridades estratégicas do QREN e, por outro, estimulam as articulações e complementaridades com os demais Programas Operacionais. A participação portuguesa na Cooperação Territorial Europeia assumirá assim caráter inovador, tanto na participação externa dos parceiros nacionais, como na programação e governação dos correspondentes Programas Operacionais.

No quadro seguinte resume-se o exercício das principais funções nos Programas Operacionais de cooperação a que Portugal se associa.