O financiamento do FEDER abrange:

• Ajudas diretas aos investimentos realizados nas Empresas (designadamente as PME), a fim de criar emprego duradouro; 
• Infra-estruturas ligadas, nomeadamente, à Investigação e à Inovação, às Telecomunicações, ao Ambiente, à Energia e aos Transportes; 
• Instrumentos Financeiros (fundos de capital-risco, fundos de desenvolvimento local, etc.), a fim de apoiar o Desenvolvimento Regional e local e favorecer a cooperação entre as Cidades e as Regiões; 
• Medidas de Assistência Técnica.

O FEDER pode intervir a título dos três novos objetivos da Política Regional:

• Convergência; 
• Competitividade Regional e Emprego; 
• Cooperação Territorial Europeia.

Convergência

Nas regiões do objetivo «Convergência» (Regiões – NUTS II – do Norte, Centro, Alentejo, Açores e Algarve – em Phasing-out), o FEDER concentra a sua intervenção na modernização e diversificação das estruturas económicas, bem como na salvaguarda ou na criação de emprego duradouro.

As ações realizadas a título do FEDER incidem nos domínios seguintes:

• Investigação e Desenvolvimento Tecnológico (IDT); 
• Inovação e espírito empresarial; 
• Sociedade da Informação; 
• Ambiente; 
• Prevenção de Riscos; 
• Turismo; 
• Cultura; 
• Transportes; 
• Energia; 
• Educação; 
• Saúde.

Competitividade Regional e Emprego

As prioridades relativas ao objetivo «Competitividade regional e emprego» (Regiões de Lisboa e Vale do Tejo e Região Autónoma da Madeira – Phasing-in) articulam-se em torno de três pólos:

• Inovação e Economia do Conhecimento: reforço das capacidades regionais de investigação e desenvolvimento tecnológico, estímulo da inovação e do espírito empresarial e reforço da engenharia financeira, nomeadamente em relação às empresas ligadas à economia do conhecimento; 
• Ambiente e Prevenção dos Riscos: reabilitação dos terrenos contaminados, estímulo da eficiência energética, promoção dos transportes públicos urbanos limpos e elaboração de planos para prevenir e gerir os riscos naturais e tecnológicos; 
• Acesso aos serviços de Transportes e de Telecomunicações de interesse económico geral.

Cooperação Territorial Europeia

No que diz respeito ao objectivo «Cooperação Territorial Europeia», o FEDER concentra a sua ajuda em três Eixos:

• Desenvolvimento de atividades económicas e sociais transfronteiriças; 
• Estabelecimento e desenvolvimento da cooperação transnacional, incluindo a cooperação bilateral entre as regiões marítimas; 
• Reforço da eficácia da política regional pela promoção e cooperação interregional, a colocação em rede e o intercâmbio de experiências entre as autoridades regionais e locais.

ESPECIFICIDADES TERRITORIAIS

O FEDER concede, além disso, uma atenção especial às especificidades territoriais. A ação do FEDER procura obviar aos problemas económicos, ambientais e sociais das cidades. As zonas com desvantagens geográficas ou naturais (regiões insulares, montanhosas ou pouco povoadas) beneficiam de um tratamento privilegiado. As zonas ultraperiféricas beneficiam igualmente de uma ajuda específica do FEDER a fim de compensar o custo do afastamento.